格式化 是在磁介质上写入标记的过程，这些标记用于标记磁道和扇区。在磁盘被格式化之前，其磁表面完全是一团混乱的磁信号。当它被格式化时，通过本质上绘制磁道走向和扇区划分的线，将一些秩序带入混乱之中。实际细节并非完全如此，但这并不重要。重要的是，磁盘必须经过格式化才能使用。
这里的术语有点令人困惑：在 MS-DOS 和 MS Windows 中，“formatting”（格式化）一词也用于涵盖创建文件系统的过程（这将在下面讨论）。在那里，这两个过程经常结合在一起，特别是对于软盘。当需要区分时，真正的格式化被称为 低级格式化，而创建文件系统被称为 高级格式化。在 UNIX 圈子里，这两者分别被称为格式化和创建文件系统，因此本书也使用这种说法。
对于 IDE 和一些 SCSI 磁盘，格式化实际上是在工厂完成的，不需要重复；因此大多数人很少需要担心它。事实上，格式化硬盘可能会导致其工作效果变差，例如，因为磁盘可能需要以某种非常特殊的方式进行格式化，以允许自动坏扇区替换工作。
需要或可以格式化的磁盘通常无论如何都需要一个特殊的程序，因为驱动器内部格式化逻辑的接口因驱动器而异。格式化程序通常在控制器 BIOS 上，或者作为 MS-DOS 程序提供；这些都不能轻易地在 Linux 中使用。
在格式化期间，可能会在磁盘上遇到坏点，称为 坏块 或 坏扇区。这些有时由驱动器本身处理，但即使这样，如果出现更多坏点，也需要采取一些措施来避免使用磁盘的这些部分。执行此操作的逻辑内置于文件系统中；如何在文件系统中添加信息将在下面介绍。或者，可以创建一个小分区，仅覆盖磁盘的坏部分；如果坏点非常大，这种方法可能是一个好主意，因为文件系统有时可能难以处理非常大的坏区域。
软盘使用 fdformat 进行格式化。要使用的软盘设备文件作为参数给出。例如，以下命令将格式化第一个软盘驱动器中的高密度 3.5 英寸软盘
$ fdformat /dev/fd0H1440 Double-sided, 80 tracks, 18 sec/track. Total capacity 1440 kB. Formatting ... done Verifying ... done $ |
$ setfdprm /dev/fd0 1440/1440 $ fdformat /dev/fd0 Double-sided, 80 tracks, 18 sec/track. Total capacity 1440 KB. Formatting ... done Verifying ... done $ |
fdformat 还会验证软盘，即检查其是否有坏块。它会多次尝试坏块（通常可以听到，驱动器噪音会发生显著变化）。如果软盘只是轻微损坏（由于读/写磁头上的灰尘，某些错误是错误信号），fdformat 不会报错，但真正的错误会中止验证过程。内核将为它发现的每个 I/O 错误打印日志消息；这些消息将发送到控制台，或者如果正在使用 syslog，则发送到文件/var/log/messages。fdformat 本身不会告知错误在哪里（通常人们并不关心，软盘足够便宜，坏的软盘会自动丢弃）。
$ fdformat /dev/fd0H1440 Double-sided, 80 tracks, 18 sec/track. Total capacity 1440 KB. Formatting ... done Verifying ... read: Unknown error $ |
$ badblocks /dev/fd0H1440 1440 718 719 $ |
许多现代磁盘会自动注意到坏块，并尝试通过使用特殊的、保留的好块来修复它们。这对操作系统是不可见的。如果您好奇这是否正在发生，此功能应记录在磁盘的手册中。即使是这样的磁盘也可能发生故障，如果坏块的数量增长过多，尽管到那时磁盘很可能已经损坏到无法使用的程度。