每个用户都可以自由选择最适合自己的桌面环境。最终的结果是，如果您使用全 KDE 或全 GNOME 系统，环境的外观和感觉非常一致；并且您的应用程序之间可以很好地交互。当我们有使用各种不同工具包编写的应用程序大杂烩时，这是不可能实现的。Linux 下现代桌面环境提供的各种功能还实现了其他一些优点，例如组件架构（KDE 有 Kparts，GNOME 使用 Bonobo 组件框架），这使您可以执行诸如在文字处理文档中嵌入实时电子表格或图表之类的操作；全局打印功能，类似于 Windows 中的打印上下文；或脚本语言，它允许更高级的用户编写程序将应用程序粘合在一起，并使它们以有趣的方式交互和协作。
在 Unix 的“桌面环境”概念下，您可以让一个环境中的程序在另一个环境中运行。我可以想象在 GNOME 中使用 Konqueror，或者在 KDE 下使用 Gnumeric。毕竟它们只是程序。当然，桌面环境的全部理念是一致性，因此坚持使用为您的特定环境设计的应用程序是有意义的；但是，如果您愿意容忍看起来“不协调”并且不与环境的其余部分交互的应用程序，您可以完全自由地这样做。