智能卡操作系统的新趋势是 JavaCard 操作系统。JavaCard OS 由 Sun Microsystems 开发，之后推广至 JavaCard 论坛。Java Card OS 很受欢迎，因为它使程序员能够独立于架构。并且基于 Java OS 的应用程序可以用于任何支持 JavaCard OS 的智能卡供应商。
如今，大多数智能卡都使用自己的操作系统进行底层通信和功能。但是为了真正支持应用程序，智能卡操作系统超越了 ISO7816 标准提供的简单功能。因此，将您在一个供应商处开发的应用程序移植到另一个智能卡供应商处变得非常困难。JavaCard OS 的另一个优点是，它允许后发行应用程序加载的概念。这允许您在将卡交付给最终用户后升级智能卡上的应用程序。重要的是，当某人需要智能卡时，他/她需要运行特定的应用程序。但是，稍后需求可能会发生变化，可能需要更多应用程序。
智能卡的另一个操作系统是 MULTOS（多应用操作系统）。顾名思义，MULTOS 也支持多应用程序。但是 MULTOS 专门为高安全性需求而设计。在许多国家/地区，MULTOS 在许多国家/地区都获得了“ITSec E6 High”认证。
微软也通过 Smart Card for Windows 进入了智能卡领域。
从某种意义上来说，上述操作系统是用于开发可在卡上运行的 cardlet 或小程序卡端 API。还有像 OpenCard Framework 和 GlobalPlatform 这样的读卡器端 API。