备份会占用大量空间，这可能会花费很多钱。为了减少所需的空间，可以压缩备份。有几种方法可以做到这一点。一些程序内置了对压缩的支持；例如，--gzip (-z) 选项，用于 GNU tar 将整个备份通过 gzip 压缩程序进行管道传输，然后再将其写入备份介质。
不幸的是，压缩备份可能会引起问题。由于压缩的工作原理，如果单个位出现错误，则所有其余的压缩数据将无法使用。一些备份程序具有一些内置的错误纠正功能，但是没有哪种方法可以处理大量错误。这意味着，如果备份像 GNU tar 那样压缩，即将整个输出作为一个单元压缩，则单个错误会导致备份的其余部分丢失。备份必须是可靠的，因此这种压缩方法不是一个好主意。
另一种方法是分别压缩每个文件。这仍然意味着一个文件会丢失，但是所有其他文件都完好无损。丢失的文件无论如何都会损坏，因此这种情况与根本不使用压缩相比并没有糟糕多少。afio 程序（cpio 的一个变体）可以做到这一点。
压缩需要一些时间，这可能会导致备份程序无法以足够快的速度为磁带驱动器写入数据。这可以通过缓冲输出来避免（如果备份程序足够智能，则可以在内部缓冲，或者使用另一个程序），但即使这样也可能无法很好地工作。这应该只在较慢的计算机上成为问题。