由于 UUCP 被用于不同类型的连接，例如串行线路或 TCP，甚至 X.25，因此需要特定的底层协议。此外，UUCP 的几种实现引入了执行大致相同操作的不同协议。
协议可以分为两类：流式协议和面向数据包的协议。后一种协议将文件作为一个整体传输，可能会对其计算校验和。这几乎没有任何开销，但需要可靠的连接，因为任何错误都会导致整个文件被重新传输。这些协议通常用于 TCP 连接，但不适合在电话线上使用。尽管现代调制解调器在纠错方面做得相当好，但它们并非完美，而且在您的计算机和调制解调器之间也没有任何错误检测。
另一方面，数据包协议将文件分成几个大小相等的块。每个数据包被单独发送和接收，计算校验和，并向发送者返回确认。为了提高效率，发明了滑动窗口协议，该协议允许在任何时候存在有限数量（一个窗口）的未完成确认。这大大减少了 uucico 在传输过程中必须等待的时间。然而，与流式协议相比，相对较大的开销使得数据包协议在 TCP 上使用效率低下。
数据路径的宽度也会产生影响。有时，通过串行连接发送八位字符是不可能的，例如，如果连接通过一个愚蠢的终端服务器。在这种情况下，第八位设置的字符必须在传输时被引用。当您通过七位连接传输八位字符时，它们必须在最坏的情况下，这会使要传输的数据量增加一倍，尽管硬件完成的压缩可能会弥补这一点。可以传输任意八位字符的线路通常被称为八位清洁线路。所有 TCP 连接以及大多数调制解调器连接都是这种情况。
以下协议在 Taylor UUCP 1.04 中可用