阅读软件包文档以确定是否需要设置某些环境变量（在 .bashrc 或 .cshrc 中），以及是否需要自定义 .Xdefaults 和 .Xresources 文件。
可能存在一个应用程序默认文件，通常在原始 Xfoo 发行版中命名为 Xfoo.ad。如果是这样，编辑 Xfoo.ad 文件以针对您的机器进行自定义，然后将其重命名 (mv) 为 Xfoo 并将其安装到 /usr/lib/X11/app-defaults 目录中，以 root 权限。不这样做可能会导致软件行为异常甚至拒绝运行。
大多数软件包都带有一个或多个预格式化的 man 手册页。以 root 权限，将 Xfoo.man 文件复制到相应的 /usr/man、/usr/local/man 或 /usr/X11R6/man 目录（man1 - man9），并相应地重命名它。例如，如果 Xfoo.man 最终位于 /usr/man/man4 中，则应将其重命名为 Xfoo.4 (mv Xfoo.man Xfoo.4)。按照惯例，用户命令放在 man1 中，游戏放在 man6 中，管理软件包放在 man8 中（有关更多详细信息，请参阅 man 文档）。当然，如果您愿意，您可以在自己的系统上偏离此惯例。
少数软件包不会将二进制文件安装到适当的系统目录中，也就是说，它们的 Makefile 中缺少 install 选项。如果出现这种情况，您可以手动安装二进制文件，方法是将二进制文件复制到适当的系统目录，/usr/bin、/usr/local/bin 或 /usr/X11R6/bin，以 root 权限，当然。请注意，/usr/local/bin 是首选的目录，用于不属于 Linux 发行版基本安装的二进制文件。
在大多数情况下，上述部分或全部过程应由 make install 以及可能的 make install.man 或 make install_man 自动处理。如果是这样，README 或 INSTALL 文档文件将对此进行说明。