当硬盘被分区后，它被映射成多个区段，但是这些区段是空的。这就像一个新建的图书馆；在放置书籍之前，必须先安装书架、标牌和卡片目录系统。
分区内部的组织结构被称为文件系统。在 Linux 中，标准的文件系统是 ext2 和 ext3。ext3 文件系统是 ext2 加上一个磁盘写入日志，称为日志（journal）。日志使得系统能够从意外断电等情况中快速恢复。
在分区中创建 ext2/3 文件系统的主要工具是 mke2fs。它通常位于/sbin。mkfs.ext2 和 mkfs.ext3 是前端程序，它们将特定的选项传递给 mke2fs。
mke2fs /dev/hdb1
mkfs.ext2 /dev/hdb1
这两者都会在第二个硬盘的第一个分区上创建 ext2 文件系统，以及
mke2fs -j/dev/hdb1
mkfs.ext3 /dev/hdb1
创建 ext3 文件系统。
-m 选项可能是非专业用户最有用的选项之一。如果文件系统被填满，并且没有更多空间写入，那么它基本上是不可用的，因为操作系统会不断地写入磁盘。默认情况下，分区百分之五的空间被保留给 root 用户使用。这允许 root 用户在分区上进行管理活动，并可能从中移出一些数据。然而，当分区包含 / 或 home 目录时，这一点最为关键。对于纯数据分区，这只是浪费的空间。250Gb 分区的百分之五是 12.5 Gb。特别是在大分区的情况下，将保留空间设置为最小值是安全的，即百分之一。
mkfs.ext3 -m 1/dev/hdb1
创建一个文件系统，其中只有 1% 的空间保留给 root 用户。在分区上加载数据后，可以使用 tune2fs -m 来调整保留块。