PHP-Nuke 的结构被组织成模块，所有文件都由位于 PHP-Nuke 根目录中的其他文件管理，并根据传递给它们的参数，包含预期的模块。
这些任务仅通过 3 个页面执行
index.php : 为了显示主页
modules.php : 为了包含内部模块。
admin.php : 为了包含后台管理界面。
无法通过调用模块的直接路径来调用模块。这样做是为了使安装更容易，使图形管理更独立（否则每次我们位于内部目录时都必须更改图像的路径），在根目录中只有少数文件，并使系统更安全。
正如我所说，一切都通过传递给 "modules.php" 文件的参数（字符串）来调用，这些参数指定要包含哪些文件。例如，如果我们想调用 Topics 模块，则要传递的字符串应该是 http://www.yoursite.com/modules.php?name=Topics
以这种方式发送的命令是“在 modules.php 创建的页面中包含位于 modules/Topics/ 文件夹中的 index.php 文件的输出”。
PHP-Nuke 根目录中存在的其他文件有
auth.php: 通过 cookies 管理身份验证。
mainfile.php: 包含 PHP-Nuke 管理的所有必要功能
header.php: 管理与 header 相关的变量（包含元标记、Javascript...）
footer.php: 与 footer 相关的变量。
backend.php: 管理可以从其他站点捕获的新闻输出
ultramode.txt: 同上
robots.txt: 包含搜索引擎的指令，告知他们哪些文件夹不索引