如果 Jaz 驱动器与其它 SCSI 硬盘共存，大多数 BIOS 会想要启动 SCSI ID 最小的磁盘。Jaz 驱动器可以设置为 SCSI ID 0-6，并且出厂默认设置为 SCSI ID 5。有些 BIOS 会检测并跳过像 Jaz 这样的可移动设备。如果你的 BIOS 可以从 Jaz 启动，你可以将你的主 SCSI 硬盘设置为 SCSI ID 1，然后在你想从 Jaz 启动时，将 Jaz 的 SCSI ID 从 5 改为 0。
更常见的情况是，Jaz 驱动器与 IDE 硬盘共存。几乎所有 BIOS 都想要启动第一个 IDE 硬盘。有些 BIOS 允许你在 BIOS 设置中更改设置，首先从 SCSI 设备启动。另一些可能需要你在 BIOS 设置中禁用 IDE 驱动器。还有一些可能需要物理地拆卸 IDE 驱动器或禁用 IDE 接口。
虽然从 Jaz 盒式磁盘运行 Linux 比从硬盘运行 慢得多，但 Jaz 驱动器是一个极好的 ERD (紧急修复磁盘)。能够简单地插入一些新的 Linux 系统或者在别人的配备 Jaz 驱动器的机器上尝试 Linux 也很有趣。
到目前为止，在 Jaz 盒式磁盘上安装 Linux 最简单的方法就是简单地按照你喜欢的发行版的安装步骤进行，确保 Jaz 驱动器是系统上唯一的驱动器。我已经在 RedHat 5.2 上这样做过，并且完美运行。如果你不完全习惯于使用 LILO 进行奇怪和疯狂的操作，这是唯一可行的方法。
如果你想从你正在运行的系统进行“安装”，你通常可以成功地在 Jaz 盒式磁盘上“构建”一个可启动的系统。
/dev 文件都被复制。确保所有权限、所有权和组 ID 都被保留。/jaz/etc/fstab 以根据需要挂载 Jaz 盒式磁盘分区。同时也要更改 /jaz/etc/lilo.conf 以匹配。rdev 使其将 Jaz 盒式磁盘挂载为根目录。首次准备就绪时从软盘启动，然后运行 LILO 使 Jaz MBR 可启动。