现在我们准备好实际对硬盘进行分区了。首先制作一个 DOS 启动盘 (在 DOS 提示符或 DOS 中输入 format a: /s)。将以下三个文件放入磁盘中，fips.exe, restorrb.exe和errors.txt. 对你的硬盘进行碎片整理——这会将所有数据放在开头，为 Fips 创建新分区留出足够的空间。如果你使用 Norton SpeedDisk，选择“整理可用空间”选项。Norton 通常将数据放在磁盘的末尾，这会阻止 Fips 创建新分区。运行 Scandisk，并使用你刚创建的启动盘重启。
在提示符下输入 fips，Fips 将会显示你的分区表，并警告分区表不一致。如果你的磁盘超过1024柱面数，通常可以安全地忽略此警告。接下来 Fips 会询问你是否要继续——该程序非常细致——显然回答“是”，当提示保存分区表和引导扇区的备份时，回答“是”——此步骤至关重要，因为它允许你将硬盘恢复到未分区的单分区状态，以防出现任何问题。如果你想卸载 Linux 或调整你的 Linux 分区大小，它也很有用。无论在此期间新分区发生什么，如果你有备份，你可以将硬盘恢复到其原始未分区状态。这种可逆操作在所有情况下都有效，但有一种情况例外；如果你在此期间格式化了你的原始 (Windows) 分区（该分区被分割以腾出空间给 Linux），原始 FAT 将被新的、更小的 FAT 覆盖，恢复操作将无法工作。
制作备份后，你将看到一个带有3数字的屏幕，第一个数字代表你的原始分区——请注意，它是最小的尺寸，Fips 已将硬盘上的所有可用空间分配给新分区，这是默认行为。第二列显示柱面信息，这将为计划使用 Lilo 的用户提供指导。第三列显示你将要创建的新分区的大小——它是最大的尺寸。使用箭头键调整分区大小，你只需减小新分区的大小，因为它已达到最大值，减小到你想要的大小。对于 Lilo 用户，新分区必须低于1024柱面标记，1000是新分区的一个合理起点。当你对新分区的大小感到满意后，按 Enter 键，Fips 会要求你确认并写入新的分区表。
重启你的系统。记住更改 BIOS 设置，以从硬盘启动，否则你最终会从软盘重启。双击 “我的电脑”，你将看到所有辛勤工作的成果，将会有一个新的驱动器标记为 D，与原始的 C 并列。不要动 D 盘，在你的原始分区 (C 盘) 上运行 scandisk ——希望不会有错误——此时你就可以安装 Linux 了。
一些 Linux 文档错误地要求你使用 Windows Fdisk 删除新创建的分区。不要犯那个错误，因为如果你那样做，Linux 分区将在安装 Linux 后重启时出现在 “我的电脑” 中，并且由于 Windows 显然无法读取这些驱动器和 ext2 文件系统，因此使用 资源管理器 并在 Windows 中访问你的硬盘将变成一件耗时且不稳定的事情。所以不要这样做。