5. 在集群上执行任务

本节仍在开发中，随着我的集群的使用而不断演进，但到目前为止，我们倾向于编写自己的消息传递例程集，以便在不同机器上的进程之间进行通信。

许多应用程序，尤其是在计算基因组学领域，都是大规模且易于并行化的，这意味着可以通过在机器之间平均分配任务来实现完美的分发（例如，当使用对单个基因/蛋白质进行操作的技术分析整个基因组时，每个处理器可以一次处理一个基因/蛋白质，而与其他处理器无关）。

到目前为止，我们还没有发现需要使用专业的队列系统，但这显然高度依赖于您希望运行的应用程序类型。

5.1 粗略基准测试

对于我们运行的最重要的程序（我们的 从头算 蛋白质折叠模拟程序），以 Pentium 3 1 GHz 处理器机器作为参考，平均而言

Xeon    1.7 GHz processor is about 22% slower
Athlon  1.2 GHz processor is about 36% faster
Athlon  1.5 GHz processor is about 50% faster
Athlon  1.7 GHz processor is about 63% faster
Xeon    2.4 GHz processor is about 45% faster
Xeon    2.7 GHz processor is about 80% faster
Opteron 1.4 GHz processor is about 70% faster
Opteron 1.6 GHz processor is about 88% faster

是的，Athlon 1.5 GHz 比 Xeon 1.7 GHz 快，因为 Xeon 每个时钟周期 (IPC) 只执行六条指令，而 Athlon 执行九条 IPC（请自行计算！）。然而，这是一个非常不严谨的比较，因为可执行文件分别在机器上编译（因此，例如数学库的质量会产生影响），并且支持硬件也不同。

5.2 正常运行时间

这些机器在硬件和软件方面都非常稳定，一旦调试完成（通常新批次的机器中有些会有硬件问题），就会在非常重的负载下持续运行。下面给出一个常见的例子。重启通常发生在断路器跳闸时。

  2:29pm  up 495 days,  1:04,  2 users,  load average: 4.85, 7.15, 7.72