任何基于 Alpha 的机器运行 Linux 的能力实际上只受限于你获取其内部复杂细节信息的能力。由于 E66、EB64+ 和 EB164 板卡都有 Linux 移植版本，因此所有基于 21066、21064/APECS 或 21164/ALCOR 的系统都应该能够在几乎无需修改的情况下运行 Linux。这些主板之间主要的区别在于它们路由中断的方式。中断有三个来源
所有系统都使用 Intel 系统 I/O 桥 (SIO) 作为 PCI 和 ISA 之间的桥梁（主 I/O 总线是 PCI，ISA 总线是用于支持低速和“传统”I/O 设备的辅助总线）。SIO 包含传统的菊花链式 8259 对。
一些系统（例如，Noname）将其所有中断都通过 SIO 路由到 CPU。一些系统具有单独的中断控制器，并通过该控制器路由所有 PCI 中断加上 SIO 中断（8259 输出），并通过 SIO 路由所有 ISA 中断。
系统之间的其他差异包括